Pomiar temperatury  jest bardzo ważny w medycynie. Wiele chorób charakteryzuje się zmianą temperatury ciała. W przypadku innych schorzeń przebieg choroby można śledzić poprzez analizę zmian temperatury ciała. Dzięki temu lekarz może analizować skuteczność podawanych leków i prowadzonego leczenia.

Gorączka to reakcja na bodźce związane z chorobą. Ciało zmienia swoją normalną temperaturę, aby wspierać własne mechanizmy obronne organizmu. Gorączka jest najczęstszą postacią związanego z chorobą (patologicznego) wzrostu temperatury ciała.

Zmierzona temperatura ciała zawsze zależy od tego, z której części ciała wykonano pomiar. Z tego powodu, wbrew powszechnej opinii, nie ma ogólnie "normalnej" bądź standardowej temperatury.

Temperatura ciała zdrowego człowieka również zmienia się w ciągu dnia i w zależności od tego, jakie czynności podejmuje. Przy pomiarze temperatury rektalnej temperatura ciała jest zwykle wieczorem o 0,5 stopnia Celsjusza wyższa niż w innych porach dnia ze względów fizjologicznych. Ponadto temperatura ciała zwiększa się przy każdym wysiłku fizycznym.

Zasadnicze rozróżnienie dotyczy:

• Temperatura wewnętrzna: wykonywana przez umieszczenie termometru w otworze ciała, zapewnia temperaturę błony śluzowej.
• Temperatura powierzchni: mierzona na powierzchni skóry i składa się z temperatury wewnątrz ciała i temperatury otoczenia.